Para cadastrar uma transportadora é necessário que a mesma esteja cadastrada como PJ, caso não saiba como fazer esse processo segue o link com o tutorial: Como cadastrar uma PJ
Uma vez a empresa estando cadastrada basta defini-la como transportadora nos passos abaixo:
1. Clique em PF / PJ
2. Expanda área
3. Clique em transportadoras
Para incluir a unidade clique em "Incluir form", no campo "Pessoa Jurídica" digite parte do nome da empresa para buscar no banco de dados, selecione-a e clique em confirmar. Segue abaixo o passo a passo:



Fazendo esse passo a passo a empresa vai aparecer como transportadora na página de pedido no campo transportadora.